Hiện nay vẫn chưa tìm ra nguyên nhân chính gây bệnh hội chứng Asperger và cũng chưa có thuốc đặc hiệu nào để điều trị đặc hiệu, dù vậy một số yếu tố sau được coi là có liên quan đến hội chứng Asperger gồm:[6]

• Tổn thương não thực thể: Những tổn thương này có thể xảy ra ở thời kỳ bào thai như bà mẹ bị nhiễm virus, sản giật, nhiễm độc thai nghén, suy dinh dưỡng bào thai... tổn thương xảy ra khi sinh như đẻ non, trẻ ngạt khi sinh, phải có sự can thiệp sản khoa như mổ, hoặc những tổn thương đối với trẻ sau khi sinh như vàng da bệnh lý, suy hô hấp phải thở máy...
• Yếu tố di truyền: Một số biểu hiện dược cho là do một nhóm gene quy định ví dụ như trẻ có thân nhân bị tâm thần phân liệt.
• Yếu tố về môi trường như trường hợp trẻ bị nhiễm độc kim loại nặng như thuỷ ngân, chì.
• Ngoài ra, trẻ ít hoặc kém vận động khi 7 tháng tuổi có nguy cơ mắc bệnh này vì nó góp phần làm sẽ làm giảm khả năng ngôn ngữ, sự phát triển về nhận thức và kỹ năng xã hội khi trẻ lớn lên.[9] Trẻ sinh nhẹ cân khả năng tăng 5 lần nguy cơ phát triển chứng tự kỷ hơn so với những đứa bé có thể trọng bình thường[10]